As Minas de Prata mostra o Brasil na época, como colônia de Portugal. Anos em que havia grande interesse europeu em em terras brasileiras para a exploração do pau-brasil, madeira que existia com relativa abundância em largas faixas da costa brasileira.
Neste período, o Brasil, vivia sob constantes ameaças holandesas, espanholas e da Companhia de Jesus. É neste meio que estão as minas de prata, que assim, dá origem à história de José de Alencar, narrada em terceira pessoa.
A fortuna prometida pelas lendárias minas de prata de Robério Dias teria o poder de decidir o destino da colônia. No entanto, para defender o Brasil e o grande amor que sente por Inês ou Inesita, Estácio filho de Robério Dias, teria que resgatar o roteiro das minas. Tal roteiro que fora deixado pelo pai de Robério Dias, Moribeca, antes de morrer.
Passados alguns anos, o padrinho de Estácio repassa uma carta deixada pelo próprio Robério Dias, pai do rapaz. A carta escrita à mãe do moço, há cerca de quatro anos, ainda estava selada mas trazia grandes informações.
Contudo, o maior problema do rapaz é o de ter um grande poder nas mãos sem saber usá-lo corretamente. Em meio a muitos altos e baixos, Estácio sempre justo, acaba por não desejar a riqueza material, mas salvar a honra do pai e casar-se com Inês. Enquanto que Padre Molina, ambicioso, visa destruir um império católico.
Entre reviravoltas e aventuras variadas Estácio e Inesita ficam juntos e mesmo tidos como mortos, reaparecem casados e felizes. Enquanto isso, Cristóvão e Elvira gravemente doente, Elvira quase chegar à beira da morte. Cristóvão no desespero quase comete suicídio, mas a tempo não o faz e os dois, casados, conseguem ser felizes.